Dear Gavin<div>Thanks for your help!!!</div><div><br><br>----- Original Message -----<br>From: Gavin Abo &lt;gsabo@crimson.ua.edu&gt;<br>Date: Sunday, September 18, 2011 18:54<br>Subject: Re: [Wien] optimization notes- Marks2004<br>To: A Mailing list for WIEN2k users &lt;wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at&gt;<br><br>&gt; Hi Viktor,<br>&gt; <br>&gt; Yes, enter "ls .min*" in the command line in the directory where <br>&gt; you <br>&gt; believe .min_hess is to see it.&nbsp; It doesn't execute, "ls" <br>&gt; gives a file <br>&gt; listing.&nbsp; Files that start with dot (.) are hidden (with <br>&gt; just "ls").&nbsp; <br>&gt; You should see all of them with the command "ls -a" (-a stands <br>&gt; for all <br>&gt; files).&nbsp; However, the "ls .min*" confines the <br>&gt; listing.&nbsp; The "*" is a <br>&gt; wildcard (http://unix.t-a-y-l-o-r.com/USwild.html).&nbsp; <br>&gt; Basically, it says <br>&gt; show all.&nbsp; In this case (.min*), it shows all files that <br>&gt; start with <br>&gt; ".min" like ".min_hess" and ".minrestart " if they exist.&nbsp; <br>&gt; I don't know <br>&gt; what files you need to keep and delete, but hope this helps.<br>&gt; <br>&gt; Good luck,<br>&gt; <br>&gt; Gavin<br>&gt; <br>&gt; On 9/18/2011 10:11 AM, Viktor Zano wrote:<br>&gt; &gt; I need somehow full answer:<br>&gt; &gt; Is "ls .min*" written in comand line?<br>&gt; &gt; What is the meaning of "*" after "min"?<br>&gt; &gt; Is this a way to show the hidden file or execute?<br>&gt; &gt; Which files to keep and which to delete?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt; From: Laurence Marks &lt;L-marks@northwestern.edu&gt;<br>&gt; &gt; Date: Saturday, September 17, 2011 17:15<br>&gt; &gt; Subject: Re: [Wien] optimization notes- Marks2004<br>&gt; &gt; To: A Mailing list for WIEN2k users <br>&gt; &lt;wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at&gt;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; Do "ls .min* " -- the file is .min_hess not case.min_hess<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Files with a "." in front of them often are hidden, i.e. <br>&gt; they do not<br>&gt; &gt; &gt; show up with a normal ls command.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; 2011/9/17 Viktor Zano &lt;zanov@bgu.ac.il&gt;:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I am running wien version 10.1 on a Intel machine (quad- <br>&gt; core) with<br>&gt; &gt; &gt; &gt; operating system ubunto 10.04 LTS (the Lucid lynx).<br>&gt; &gt; &gt; &gt; The purpose of my calculations is relaxation of the <br>&gt; structure (mini<br>&gt; &gt; &gt; &gt; positions).<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Since it didn't converge, I used Prof. Marks "optimization<br>&gt; &gt; &gt; notes": I used<br>&gt; &gt; &gt; &gt; lower k-points (30 in IBZ instead of 120), 5 mRy/bohr, <br>&gt; Energy conv'<br>&gt; &gt; &gt; &gt; creterion: 0.005, using the command line (I didn't use the <br>&gt; -NI<br>&gt; &gt; &gt; switch):&gt; min -j 'runsp_lapw -l -i 50 -ec 0.005 -fc 5.0 it'.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; It did well and converges even bellow 2 mRy/bohr, Energy conv'<br>&gt; &gt; &gt; &lt; 0.000002.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Now, I want to do the same calculation but with 120 k-points<br>&gt; &gt; &gt; in IBZ, 2<br>&gt; &gt; &gt; &gt; mRy/bohr, Energy conv' creterion: 0.0001. Acording<br>&gt; &gt; &gt; to "optimization notes",<br>&gt; &gt; &gt; &gt; in order to use the Hessian estimate instead of the <br>&gt; default, I<br>&gt; &gt; &gt; have to copy<br>&gt; &gt; &gt; &gt; .min_hess to .minrestart and delete old case.tmpM and<br>&gt; &gt; &gt; case.finM. The problem<br>&gt; &gt; &gt; &gt; is I don't have .min_hess but I have .hess. I don't have<br>&gt; &gt; &gt; .minrestart, but<br>&gt; &gt; &gt; &gt; have .inm_resart_st. How can I progress (I can use the new<br>&gt; &gt; &gt; relaxed&nbsp; atomic<br>&gt; &gt; &gt; &gt; positions, but what about the hesian?)<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; _____________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Victor Y. Zenou<br>&gt; &gt; &gt; &gt; PhD student<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Department of Materials Engineering<br>&gt; &gt; &gt; &gt; BGU?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Wien mailing list<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at<br>&gt; &gt; &gt; &gt; http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; Laurence Marks<br>&gt; &gt; &gt; Department of Materials Science and Engineering<br>&gt; &gt; &gt; MSE Rm 2036 Cook Hall<br>&gt; &gt; &gt; 2220 N Campus Drive<br>&gt; &gt; &gt; Northwestern University<br>&gt; &gt; &gt; Evanston, IL 60208, USA<br>&gt; &gt; &gt; Tel: (847) 491-3996 Fax: (847) 491-7820<br>&gt; &gt; &gt; email: L-marks at northwestern dot edu<br>&gt; &gt; &gt; Web: www.numis.northwestern.edu<br>&gt; &gt; &gt; Research is to see what everybody else has seen, and to <br>&gt; think what<br>&gt; &gt; &gt; nobody else has thought<br>&gt; &gt; &gt; Albert Szent-Gyorgi<br>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; Wien mailing list<br>&gt; &gt; &gt; Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at<br>&gt; &gt; &gt; http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _____________________________<br>&gt; &gt; Victor Y. Zenou<br>&gt; &gt; PhD student<br>&gt; &gt; Department of Materials Engineering<br>&gt; &gt; BGU<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; Wien mailing list<br>&gt; &gt; Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at<br>&gt; &gt; http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien<br>&gt; <br>&gt; </div><BR><BR> _____________________________<br>Victor Y. Zenou<br>PhD student<br>Department of Materials Engineering <br>BGU</BR></BR>‎