<div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:13px"><div id="yiv4236291785"><div id="yui_3_16_0_1_1417156798334_19868"><div id="yui_3_16_0_1_1417156798334_19867" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px;"><div dir="ltr" id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_9129"><font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_23262" size="2">Dear Profs. Peter and Robert,</font></div><div dir="ltr" id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_7241"><font size="2"><br clear="none"></font></div><div dir="ltr" id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_9130"><font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_23263" size="2">Thank for your help.</font></div><div dir="ltr" id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_7572"><font size="2"><br clear="none"></font></div><div dir="ltr" id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_9131"><font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_20786" size="2">My doubt is clear now, but when you said..... <br clear="none"></font></div><div dir="ltr" id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_9555"><div id="yui_3_16_0_1_1417156798334_22631" dir="ltr"><font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_20785" size="2"><b id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_12169">For FCC Cu, you have just ONE atom in the cell</b>. I become comfused.<br clear="none"></font></div></div><div dir="ltr" id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_10483"><div id="yui_3_16_0_1_1417156798334_20185"><font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_20203" size="2">I thought fcc Cu has FOUR atoms per unit cell i.e. corner atoms 8*1/8=1, and face centre atoms 6*1/2=3. </font></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_1_1417156798334_20186"><br clear="none"><b id="yui_3_16_0_1_1417156798334_22013"><font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_20862" size="2">And: Why would you like to do this ?</font></b></div><div style="" class="" dir="ltr" id="yui_3_16_0_1_1417156798334_20186"><font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_22297" style="" class="" size="2">We want to study the effect of vacuum on dot of a small unit cell, the study doesn't involve large vacuum size.</font></div><div id="yui_3_16_0_1_1417156798334_23266" style="" class="" dir="ltr"><font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_22297" style="" class="" size="2"><br style="" class="" clear="none"></font></div></div><div id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_7022"><span></span></div><div id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_7023"><div id="yui_3_16_0_1_1417156798334_23267" dir="ltr"> <font id="yui_3_16_0_1_1417156798334_24176" size="2">Kind regards<br></font></div></div><div class="yiv4236291785signature" id="yiv4236291785yui_3_16_0_1_1417156798334_7024"><font size="2">Lawal Mohammed</font></div> <div id="yui_3_16_0_1_1417156798334_19866" class="yiv4236291785qtdSeparateBR"><br clear="none"><br clear="none"></div><div class="yiv4236291785yqt0526671210" id="yiv4236291785yqt32340"><div class="yiv4236291785yahoo_quoted" style="display: block;"> <div style="font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px;"> <div style="font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> On Thursday, November 27, 2014 3:09 PM, Robert Laskowski <rolask@ihpc.a-star.edu.sg> wrote:<br clear="none"> </font> </div>  <br clear="none"><br clear="none"> <div class="yiv4236291785y_msg_container">> > (2) How can I use vacuum in three directions using the structeditor?<br clear="none"><br clear="none">assuming you loaded your struct to variable s, you may do the following:<br clear="none"><br clear="none">s.a=s.a*factor;<br clear="none">s.pos=s.pos/factor;<br clear="none">showstruct(s)<br clear="none">savestruct ....<br clear="none"><br clear="none">where the factor a number bigger then 1, vacume layer should be (factor-1)*s.a(1:3) in all three directions<br clear="none"><br clear="none">regards<br clear="none"><br clear="none">Robert<br clear="none"><br clear="none"><br clear="none"><br clear="none"><br clear="none">On 27 November 2014 AM 7:58:18 Peter Blaha wrote:<br clear="none">> > (1) I am trying to make a replacement on interstitial sites of a given crystal system. But, it looks like the atomic ID in xcrysden doesn't represent the atomic index (ind)<br clear="none">> > in the readme.txt of the structeditor. If I am right then, is there any package that can be used for that purpose?<br clear="none">><br clear="none">> Think about this problem: For FCC Cu, you have just ONE atom in the cell, but of course,<br clear="none">> xcrysden displays the full cell, i.e. 8+6 atoms. So there are "many" atoms, which would<br clear="none">> have the same ID, thus the concept if "ID"s is difficult to visualize, because then you<br clear="none">> would just see  "one single ball", which would not be helpful either.<br clear="none">><br clear="none">> xcrysden allows to display the coordinates of the selected atom in "fractional coordinates"<br clear="none">> and by this you can identify the atom in the structure.<br clear="none">><br clear="none">> > (2) How can I use vacuum in three directions using the structeditor?<br clear="none">><br clear="none">> I don't know how to do this and would need to study the help  myself.<br clear="none">><br clear="none">> Instead:   x supercell can easily do it.<br clear="none">><br clear="none">> And: Why would you like to do this ? It will be soon very expensive ....<br clear="none">> Wien2k is NOT a "molecular code" and you should have good reasons to do this<br clear="none">> in exceptional cases.<br clear="none">><br clear="none">><br clear="none"><br clear="none">--<br clear="none">==================================================<br clear="none">Dr. Robert Laskowski<br clear="none"><br clear="none">Senior Scientist, Materials Science & Engineering Department<br clear="none">Institute of High Performance Computing, A*STAR<br clear="none">1 Fusionopolis Way, #16-16, Connexis, Singapore 138632<br clear="none">Tel(Off): +65. 64191493     Fax: +65. 64632536<br clear="none">=================================================<br clear="none"><br clear="none">________________________________<br clear="none"><br clear="none">This email is confidential and may be privileged. If you are not the intended recipient, please delete it and notify us immediately. Please do not copy or use it for any purpose, or disclose its contents to any other person. Thank you.<div class="yiv4236291785yqt1980544458" id="yiv4236291785yqtfd41815"><br clear="none">_______________________________________________<br clear="none">Wien mailing list<br clear="none"><a rel="nofollow" shape="rect" ymailto="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank" href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br clear="none"><a rel="nofollow" shape="rect" target="_blank" href="http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br clear="none">SEARCH the MAILING-LIST at:  <a rel="nofollow" shape="rect" target="_blank" href="http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br clear="none"></div><br clear="none"><br clear="none"></div>  </div> </div>  </div></div> </div></div></div></div>