<div dir="ltr">As an addendum, you can do something like (on Stampede)<div><br></div><div>ibrun hostname -s | grep -v TACC | grep -e [a-z] > Machines<br></div><div><br></div><div>This runs "hostname -s" on every node, then eliminates some other lines that you don't want.</div><div><br></div><div>You then use a shell script to manage converting from Machines to a Wien2k .machines format (Peter's approach) or use Machines2W (my approach) via a template to do it for you.</div><div><br></div><div>If srun is working, that can also be used (it is broken on Stampede). I seem to remember there was another method, but I cannot find it any more.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><span style="font-size:small">-----------------------------------</span><br></div><div dir="ltr">Professor Laurence Marks<br><span style="font-size:12.8px">"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought", </span><span style="font-size:12.8px">Albert Szent-Gyorgi</span><br><a href="http://www.numis.northwestern.edu" target="_blank">www.numis.northwestern.edu</a> ; <span style="font-size:12.8px">Corrosion in 4D: </span><a href="http://MURI4D.numis.northwestern.edu" style="font-size:12.8px" target="_blank">MURI4D.numis.northwestern.edu</a><div><span style="font-size:12.8px">Partner of the CFW 100% program for gender equity, </span><a href="http://www.cfw.org/100-percent" style="font-size:12.8px" target="_blank">www.cfw.org/100-percent</a></div><div>Co-Editor, Acta Cryst A</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 15, 2016 at 3:53 PM, Laurence Marks <span dir="ltr"><<a href="mailto:L-marks@northwestern.edu" target="_blank">L-marks@northwestern.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">If this is Stampede (or has the same ibrun), what you need is<div><br></div><div><div>setenv WIEN_MPIRUN "ibrun -n _NP_ -o 0 -machinefile _HOSTS_ _EXEC_ "</div></div><div><br></div><div>This is an ugly hack, it effectively ignores everything that ibrun does and instead allows Wien2k to launch the relevant process(es) outside of ibrun's control. (The reason one does this is that mpirun is broken on Stampede, and I could not find a way to work around this.)</div><div><br></div><div>I am cc'ing one of my students who has (?) tested it a bit more.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><span style="font-size:small">-----------------------------------</span><br></div><div dir="ltr">Professor Laurence Marks<br><span style="font-size:12.8px">"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought", </span><span style="font-size:12.8px">Albert Szent-Gyorgi</span><br><a href="http://www.numis.northwestern.edu" target="_blank">www.numis.northwestern.edu</a> ; <span style="font-size:12.8px">Corrosion in 4D: </span><a href="http://MURI4D.numis.northwestern.edu" style="font-size:12.8px" target="_blank">MURI4D.numis.northwestern.edu</a><div><span style="font-size:12.8px">Partner of the CFW 100% program for gender equity, </span><a href="http://www.cfw.org/100-percent" style="font-size:12.8px" target="_blank">www.cfw.org/100-percent</a></div><div>Co-Editor, Acta Cryst A</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 15, 2016 at 3:44 PM, Valerie Base <span dir="ltr"><<a href="mailto:baseace50@gmail.com" target="_blank">baseace50@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div dir="ltr">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> Hello,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><br>
</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">In the command:
</span>mpirun -np _NP_ -machinefile _HOSTS_ _EXEC_</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<span style="font-size:12pt;font-family:'Times New Roman',serif">does _NP_ denote the number of processors and _HOSTS__EXEC denote the host list? Is the host list the same as the .machines file. </span>
<div><span style="font-size:12pt;font-family:'Times New Roman',serif"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:12pt;font-family:'Times New Roman',serif">The system that I'm running WIEN2k on launches MPI job in a slightly different way (ibrun is used instead of mpirun) so knowing how WIEN2k launches MPI jobs will aid my sys. admin help me.</span><br>
<div><span style="font-size:12pt;font-family:'Times New Roman',serif"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:12pt;font-family:'Times New Roman',serif">Thank you.</span></div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>