<div dir="ltr">As the supercell program tells you when you run it, you have to displace an atom or change it's name to prevent the cell being reduced back.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 11, 2018 at 8:21 AM, Riyajul Islam <span dir="ltr"><<a href="mailto:riyajul80@gmail.com" target="_blank">riyajul80@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Wien2k users,<br>
I want create a 2x2x2 supercell of an orthorombic structure.<br>
Aftercreating the supercell I copied case_super.struct to case.struct<br>
the ran x nn wich gave me another structure and copied it to the<br>
case.struct file. But when I ran x sgroup it gave me a spacegroup<br>
51_Pmma. If I accept the structure created by x sgroup the supercell<br>
reduces to 1x1x1, but if I don't accept it then I get an error in x<br>
symmetry<br>
<br>
GLSYM: THE CRYSTAL SYSTEM IS CUBIC<br>
 PGLSYM: ORDER OF LATTICE POINT GROUP (NO BASE) =            48<br>
 PGBSYM: ORDER OF LATTICE SPACE GROUP (WITH BASE) =           8<br>
 PGBSYM: NON-SYMMORPHIC SPACE GROUP OR NON-STANDARD ORIGIN OF COORDINATES<br>
 PGBSYM: SPACE GROUP CONTAINS INVERSION<br>
 SPACE GROUP CONTAINS INVERSION<br>
        BUT ATOMS SHOULD BE SHIFTED BY  -0.25000000  -0.25000000  -0.25000000<br>
        BUT ATOMS SHOULD BE SHIFTED BY  -0.25000000  -0.25000000  -0.25000000<br>
number of atoms:  448<br>
<br>
 ATOM:          -1<br>
Ca1        operation #  1     1<br>
Ca1        operation #  5     2 || z<br>
Ca1        operation # 12     m n 110<br>
Ca1        operation # 13     m n -110<br>
  pointgroup is mm2 (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: 2 || z, m n y<br>
  z-rotation vector:  0.0000  0.0000  1.0000<br>
  y-rotation vector:  1.0000  1.0000  0.0000    2<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.7071068 0.7071068 0.0000000      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
          -0.7071068 0.7071068 0.0000000      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000 0.0000000 1.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  1 0  2 0  2 2  3 0  3 2  4 0  4 2  4 4  5 0  5 2  5 4  6 0  6<br>
2  6 4  6 6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           1 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:           8  ISYM:           4  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
<br>
 ATOM:          -2<br>
Mn2        operation #  1     1<br>
Mn2        operation #  5     2 || z<br>
Mn2        operation # 12     m n 110<br>
Mn2        operation # 13     m n -110<br>
  pointgroup is mm2 (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: 2 || z, m n y<br>
  z-rotation vector:  0.0000  0.0000  1.0000<br>
  y-rotation vector:  1.0000  1.0000  0.0000    2<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.7071068 0.7071068 0.0000000      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
          -0.7071068 0.7071068 0.0000000      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000 0.0000000 1.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  1 0  2 0  2 2  3 0  3 2  4 0  4 2  4 4  5 0  5 2  5 4  6 0  6<br>
2  6 4  6 6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           2 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:           8  ISYM:           4  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
<br>
 ATOM:          -3<br>
Fe3        operation #  1     1<br>
Fe3        operation #  2     -1<br>
Fe3        operation # 13     m n -110<br>
Fe3        operation # 19     2 || -110<br>
  pointgroup is 2/m (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: 2 || z, m n z<br>
  z-rotation vector: -1.0000  1.0000  0.0000<br>
  y-rotation vector:  0.7071 -0.7071  0.0000    0<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.0000000-0.7071068-0.7071068      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000-0.7071068 0.7071068      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
          -1.0000000 0.0000000 0.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  2 0  2 2 -2 2  4 0  4 2 -4 2  4 4 -4 4  6 0  6 2 -6 2  6 4 -6<br>
4  6 6 -6 6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           3 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:           8  ISYM:           4  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
<br>
 ATOM:          -4<br>
Fe4        operation #  1     1<br>
Fe4        operation # 12     m n 110<br>
  pointgroup is m (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: m n z<br>
  z-rotation vector:  1.0000  1.0000  0.0000<br>
  y-rotation vector:  0.0000  0.0000 -1.0000    0<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.0000000 0.7071068 0.7071068      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000-0.7071068 0.7071068      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
           1.0000000 0.0000000 0.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  1 1 -1 1  2 0  2 2 -2 2  3 1 -3 1  3 3 -3 3  4 0  4 2 -4 2  4<br>
4 -4 4  5 1 -5 1  5 3 -5 3  5 5 -5 5  6 0  6 2 -6 2  6 4 -6 4  6 6 -6<br>
6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           4 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:          16  ISYM:           2  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
<br>
 ATOM:          -5<br>
Fe5        operation #  1     1<br>
Fe5        operation #  2     -1<br>
Fe5        operation # 13     m n -110<br>
Fe5        operation # 19     2 || -110<br>
  pointgroup is 2/m (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: 2 || z, m n z<br>
  z-rotation vector: -1.0000  1.0000  0.0000<br>
  y-rotation vector:  0.0000  0.0000  1.0000    0<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.0000000-0.7071068-0.7071068      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000-0.7071068 0.7071068      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
          -1.0000000 0.0000000 0.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  2 0  2 2 -2 2  4 0  4 2 -4 2  4 4 -4 4  6 0  6 2 -6 2  6 4 -6<br>
4  6 6 -6 6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           5 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:           8  ISYM:           4  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
<br>
 ATOM:          -6<br>
O 6        operation #  1     1<br>
O 6        operation # 13     m n -110<br>
  pointgroup is m (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: m n z<br>
  z-rotation vector: -1.0000  1.0000  0.0000<br>
  y-rotation vector:  0.0000  0.0000 -1.0000    0<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.0000000-0.7071068-0.7071068      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000-0.7071068 0.7071068      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
          -1.0000000 0.0000000 0.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  1 1 -1 1  2 0  2 2 -2 2  3 1 -3 1  3 3 -3 3  4 0  4 2 -4 2  4<br>
4 -4 4  5 1 -5 1  5 3 -5 3  5 5 -5 5  6 0  6 2 -6 2  6 4 -6 4  6 6 -6<br>
6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           6 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:          16  ISYM:           2  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
<br>
 ATOM:          -7<br>
O 7        operation #  1     1<br>
O 7        operation # 12     m n 110<br>
  pointgroup is m (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: m n z<br>
  z-rotation vector:  1.0000  1.0000  0.0000<br>
  y-rotation vector:  0.0000  0.0000 -1.0000    0<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.0000000 0.7071068 0.7071068      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000-0.7071068 0.7071068      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
           1.0000000 0.0000000 0.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  1 1 -1 1  2 0  2 2 -2 2  3 1 -3 1  3 3 -3 3  4 0  4 2 -4 2  4<br>
4 -4 4  5 1 -5 1  5 3 -5 3  5 5 -5 5  6 0  6 2 -6 2  6 4 -6 4  6 6 -6<br>
6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           7 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:          16  ISYM:           2  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
<br>
 ATOM:          -8<br>
O 8        operation #  1     1<br>
O 8        operation # 12     m n 110<br>
  pointgroup is m (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: m n z<br>
  z-rotation vector:  1.0000  1.0000  0.0000<br>
  y-rotation vector:  0.0000  0.0000  1.0000    0<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.0000000 0.7071068 0.7071068      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000-0.7071068 0.7071068      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
           1.0000000 0.0000000 0.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  1 1 -1 1  2 0  2 2 -2 2  3 1 -3 1  3 3 -3 3  4 0  4 2 -4 2  4<br>
4 -4 4  5 1 -5 1  5 3 -5 3  5 5 -5 5  6 0  6 2 -6 2  6 4 -6 4  6 6 -6<br>
6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           8 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:          16  ISYM:           2  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
<br>
 ATOM:          -9<br>
O 9        operation #  1     1<br>
O 9        operation # 13     m n -110<br>
  pointgroup is m (neg. iatnr!!)<br>
  axes should be: m n z<br>
  z-rotation vector: -1.0000  1.0000  0.0000<br>
  y-rotation vector:  0.0000  0.0000  1.0000    0<br>
  WARNING: LOCAL ROTATION MATRIX CHANGED<br>
LOCAL ROT MATRIX:       NEW                                OLD<br>
           0.0000000-0.7071068-0.7071068      1.0000000 0.0000000 0.0000000<br>
           0.0000000-0.7071068 0.7071068      0.0000000 1.0000000 0.0000000<br>
          -1.0000000 0.0000000 0.0000000      0.0000000 0.0000000 1.0000000<br>
lm: 0 0  1 1 -1 1  2 0  2 2 -2 2  3 1 -3 1  3 3 -3 3  4 0  4 2 -4 2  4<br>
4 -4 4  5 1 -5 1  5 3 -5 3  5 5 -5 5  6 0  6 2 -6 2  6 4 -6 4  6 6 -6<br>
6<br>
 ==============================<wbr>================<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
 ERROR: (multiplicity of atom           9 )*(number of pointgroup-operations)<br>
 ERROR: is NOT = (number of spacegroup-operations)<br>
 ERROR: MULT:          16  ISYM:           2  NSYM           8<br>
 ERROR: Check your struct file with    x sgroup<br>
 ---------- ERROR ------------------<br>
0.006u 0.003s 0:00.01 0.0% 0+0k 0+136io 0pf+0w<br>
<br>
Also I have worked on the same structure by creating 1x1x1 supercell<br>
which ran quiet well. Kindly help me solve this problem<br>
<br>
Thanking you,<br>
Riyajul Islam<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Wien mailing list<br>
<a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.<wbr>at</a><br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__zeus.theochem.tuwien.ac.at_mailman_listinfo_wien&d=DwICAg&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=W-NdzTVKLMX_QKQa_8fev6peaAhMXG0lt0nPsjEkIQw&s=osNlS0XNoZu7oZCYV4TXBdjkzpL2pwukeyJ-Zf0VNE0&e=" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.<wbr>com/v2/url?u=http-3A__zeus.<wbr>theochem.tuwien.ac.at_mailman_<wbr>listinfo_wien&d=DwICAg&c=<wbr>yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNX<wbr>t_d012z2PA6ws&r=U_<wbr>T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvq<wbr>KFdqWLwmqg0&m=W-NdzTVKLMX_<wbr>QKQa_<wbr>8fev6peaAhMXG0lt0nPsjEkIQw&s=<wbr>osNlS0XNoZu7oZCYV4TXBdjkzpL2pw<wbr>ukeyJ-Zf0VNE0&e=</a><br>
SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mail-2Darchive.com_wien-40zeus.theochem.tuwien.ac.at_index.html&d=DwICAg&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=W-NdzTVKLMX_QKQa_8fev6peaAhMXG0lt0nPsjEkIQw&s=wnaV8b1Tqow0YliJHBAxIrPWIc0GUuRG5HqXdGCoBZ8&e=" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.<wbr>com/v2/url?u=http-3A__www.<wbr>mail-2Darchive.com_wien-<wbr>40zeus.theochem.tuwien.ac.at_<wbr>index.html&d=DwICAg&c=<wbr>yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNX<wbr>t_d012z2PA6ws&r=U_<wbr>T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvq<wbr>KFdqWLwmqg0&m=W-NdzTVKLMX_<wbr>QKQa_<wbr>8fev6peaAhMXG0lt0nPsjEkIQw&s=<wbr>wnaV8b1Tqow0YliJHBAxIrPWIc0GUu<wbr>RG5HqXdGCoBZ8&e=</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Professor Laurence Marks</span><br></div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought", </span><span style="font-size:12.8px">Albert Szent-Gyorgi</span><br><a href="http://www.numis.northwestern.edu" target="_blank">www.numis.northwestern.edu</a> ; <span style="font-size:12.8px">Corrosion in 4D: </span><a href="http://MURI4D.numis.northwestern.edu" style="font-size:12.8px" target="_blank">MURI4D.numis.northwestern.edu</a><div><span style="font-size:12.8px">Partner of the CFW 100% program for gender equity, </span><a href="http://www.cfw.org/100-percent" style="font-size:12.8px" target="_blank">www.cfw.org/100-percent</a></div><div>Co-Editor, Acta Cryst A</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>