<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000">What you are trying to do is generate an estimate of the energy dV*Q where dV is the potential offset, and Q is your charge. The atoms by the charged defect will not be close to the same as the bulk, you want one which is far enough away that it is a viable reference state. You then compare this to your reference material, which does not have to be a supercell and could be just bulk. (Sometimes it is easier to ensure that k-points and other things are identical by using a supercell without the defect.)</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000">Be aware that Wien2k does not attempt to do any of the charged cell corrections that are in the literature. For these you are on your own! In principle you want to extrapolate with a series of cells of increasing size in order to calculate the defect-defect coupling energy as a function of cell size. And/or calculate the correction. I remember many years ago looking at this with Peter, and I am not sure either of us was terrible convinced by the corrections in the literature.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000">Also, be aware that the approach of charged cells assumes that there is no interaction between, for instance, holes and the defect. I recently did a (neutral) calculation of a Ni vacancy in NiO. What I expected to find was two Ni3+, but instead I found a couple of delocalized hole on O sites near the vacancy. (I still need to ponder whether I believe this.) A charged cell calculation where one adds two electrons at the same time as one creates a Ni vacancy will not include the electrostatic interaction between the (negative) vacancy and the delocalized hole.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000">Also, there is a recent paper by Pantelides in PRL (with some later comments by others) where he disagrees with the conventional approach. I do not know who is right.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Apr 12, 2019 at 12:34 PM Marcelo Barbosa <<a href="mailto:marcelo.b.barbosa@gmail.com">marcelo.b.barbosa@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Dear Prof Laurence,
<div><br>
</div>
<div>First of all, thank you for stepping into the discussion and for clarifying the difference between a pseudo-potential calculation and an all-electron code in this situation.</div>
<div><br>
</div>
<div>Can I then use the core energies obtained using for example "grep :1S case.scf”?</div>
<div><br>
</div>
<div>By the way, I have another question…</div>
<div>This correction is only needed for a charged cell and, as far as I understood, for the method performed in the case of pseudo-potential calculations the alignment must be done between the charged supercell and a supercell of the same size from
 the bulk material.</div>
<div>However, for the procedure you described, the core energy difference should be calculated between the charged supercell and the same supercell in the non-charged state, correct?</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards,</div>
<div>Marcelo</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 11 Apr 2019, at 19:19, Laurence Marks <<a href="mailto:L-marks@northwestern.edu" target="_blank">L-marks@northwestern.edu</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_3972884625836882224Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I think this conversation has gone in an incorrect direction. What you are trying to do is align the relative energies/potential as there is an offset due to subtraction of the mean inner
 potential (to avoid singularities) that is different for charged and non-charged cells.</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">With a pseudo-potential calculation, the electrostatic potential is readily available so people use it to align.</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">With an all-electron code the electrostatic potential can be generated, but there are far easier methods to align! All you need to do is compare the core energies of atoms well away from the
 defect. This gives you the relevant energy axis shift.</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Then you have to make whatever correction you trust....which is not a trivial issue.</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Apr 11, 2019 at 11:34 AM Marcelo Barbosa <<a href="mailto:marcelo.b.barbosa@gmail.com" target="_blank">marcelo.b.barbosa@gmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Thank you very much for your help!
<div><br>
</div>
<div>Best regards,</div>
<div>Marcelo<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 11 Apr 2019, at 16:16, SM Alay-e-Abbas <<a href="mailto:alayabbas@gmail.com" target="_blank">alayabbas@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_3972884625836882224gmail-m_5655902535517498212Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div>--> Since I need to calculate the electrostatic potential, is following method the correct approach? Is it also correct for spin polarized calculations?</div>
<div><i>For electrostatic potentials you should be using case.vcoul. I don't think that the magnetic order matters here since there is only one output for electrostatic potential (*.vcoul). </i></div>
<div><br>
</div>
<div>--> Create the case.in5 file with the correct plane and number of points to be calculated</div>
<div><i>and s</i><i>et ny = 1!</i></div>
<div><i><br>
</i></div>
<div>--> Use “x lapw5 -d” to create the file lapw5.def and then change the unit 9 from “case.clmval” to “case.vtotal”<br>
</div>
<div><i>for electrostatic potentials, it should be case.vcoul</i>.  </div>
<div><br>
</div>
<div>--> Run lapw5 and get the values in case.rho</div>
<i>The results you should be looking for are in case.rho_onedim</i><br>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Apr 11, 2019 at 12:09 PM Marcelo Barbosa <<a href="mailto:marcelo.b.barbosa@gmail.com" target="_blank">marcelo.b.barbosa@gmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Dear Alay,
<div><br>
</div>
<div>Thank you very much for your help!</div>
<div><br>
</div>
<div>I am able to use your method to select the appropriate plane and the number of points in that plane to be calculated using lapw5.</div>
<div>I just not entirely sure that I correctly understood the rest of the procedure by reading the user’s guide.</div>
<div><br>
</div>
<div>Since I need to calculate the electrostatic potential, is following method the correct approach? Is it also correct for spin polarized calculations?</div>
<div><br>
</div>
<div>- Create the case.in5 file with the correct plane and number of points to be calculated</div>
<div>- Set “iuntits” to ATU in case.in5 to get the values in Ry</div>
<div>- Set “cnorm” to VAL in case.in5</div>
<div>- Use “x lapw5 -d” to create the file lapw5.def and then change the unit 9 from “case.clmval” to “case.vtotal”</div>
<div>- Run lapw5 and get the values in case.rho</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards,</div>
<div>Marcelo</div>
<div><br>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 4 Apr 2019, at 21:30, SM Alay-e-Abbas <<a href="mailto:alayabbas@gmail.com" target="_blank">alayabbas@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_3972884625836882224gmail-m_5655902535517498212gmail-m_-2220089208851169109Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">Hello Marcelo,
<div><br>
</div>
<div>You may do this by selecting an appropriate atom centered plane (with reasonable width) and then setting npy = 1 in case.in5 before running lapw5. See section 8.13.3 of the userguide for more details.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best Regards,</div>
<div><br>
</div>
<div>Alay </div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Apr 4, 2019 at 5:40 PM Marcelo Barbosa <<a href="mailto:marcelo.b.barbosa@gmail.com" target="_blank">marcelo.b.barbosa@gmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Dear Sirs,<br>
<br>
When comparing the formation energies of two charge states of an impurity in a semiconductor as a function of the Fermi level, it is said that a correction term must be added to align the electrostatic potential from the supercell with the impurity (using a
 position far from the impurity) and from a supercell of the pure bulk material with the same size (see e.g. DOI: 10.1063/1.1682673).<br>
<br>
The electrostatic potential is calculated in LAPW0, but how can I find the value corresponding to a specific position in my supercell?<br>
<br>
<br>
Best regards,<br>
Marcelo<br>
_______________________________________________<br>
Wien mailing list<br>
<a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__zeus.theochem.tuwien.ac.at_mailman_listinfo_wien&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=XRsiOIVg2NJivRSk_J3zL2BpBD4RQ4588kq8bRmOJMQ&s=l6uXgPi00HTrwim2DZzda7AbMDJLKIeT18z1TKKMnOE&e=" rel="noreferrer" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mail-2Darchive.com_wien-40zeus.theochem.tuwien.ac.at_index.html&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=XRsiOIVg2NJivRSk_J3zL2BpBD4RQ4588kq8bRmOJMQ&s=hTAqiBuYA3acottDeUlufTZbsnXDZf2k9kPLPqUerSQ&e=" rel="noreferrer" target="_blank">
http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
</blockquote>
</div>
_______________________________________________<br>
Wien mailing list<br>
<a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__zeus.theochem.tuwien.ac.at_mailman_listinfo_wien&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=XRsiOIVg2NJivRSk_J3zL2BpBD4RQ4588kq8bRmOJMQ&s=l6uXgPi00HTrwim2DZzda7AbMDJLKIeT18z1TKKMnOE&e=" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mail-2Darchive.com_wien-40zeus.theochem.tuwien.ac.at_index.html&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=XRsiOIVg2NJivRSk_J3zL2BpBD4RQ4588kq8bRmOJMQ&s=hTAqiBuYA3acottDeUlufTZbsnXDZf2k9kPLPqUerSQ&e=" target="_blank">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Wien mailing list<br>
<a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__zeus.theochem.tuwien.ac.at_mailman_listinfo_wien&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=XRsiOIVg2NJivRSk_J3zL2BpBD4RQ4588kq8bRmOJMQ&s=l6uXgPi00HTrwim2DZzda7AbMDJLKIeT18z1TKKMnOE&e=" rel="noreferrer" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mail-2Darchive.com_wien-40zeus.theochem.tuwien.ac.at_index.html&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=XRsiOIVg2NJivRSk_J3zL2BpBD4RQ4588kq8bRmOJMQ&s=hTAqiBuYA3acottDeUlufTZbsnXDZf2k9kPLPqUerSQ&e=" rel="noreferrer" target="_blank">
http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
</blockquote>
</div>
_______________________________________________<br>
Wien mailing list<br>
<a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__zeus.theochem.tuwien.ac.at_mailman_listinfo_wien&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=uDsueiBGZoXOWe_mbSqrUtgWQzpFcsEU5CU_u9yQEK4&s=SXQU7DSaitWEt5qXCrHnAPJji6vV1S4nYmoZNsgML_M&e=" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mail-2Darchive.com_wien-40zeus.theochem.tuwien.ac.at_index.html&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=uDsueiBGZoXOWe_mbSqrUtgWQzpFcsEU5CU_u9yQEK4&s=sdeRC3h3qsozlQsRzbIhxXnwIR8yjCfR_h5rHa_f3xw&e=" target="_blank">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail-m_3972884625836882224gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Professor Laurence Marks</span><br>
</div>
<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought", </span><span style="font-size:12.8px">Albert Szent-Gyorgi</span><br>
<a href="http://www.numis.northwestern.edu/" target="_blank">www.numis.northwestern.edu</a> ; <span style="font-size:12.8px">Corrosion in 4D:
</span><a href="http://muri4d.numis.northwestern.edu/" style="font-size:12.8px" target="_blank">MURI4D.numis.northwestern.edu</a>
<div><span style="font-size:12.8px">Partner of the CFW 100% program for gender equity, </span><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.cfw.org_100-2Dpercent&d=DwMFaQ&c=yHlS04HhBraes5BQ9ueu5zKhE7rtNXt_d012z2PA6ws&r=U_T4PL6jwANfAy4rnxTj8IUxm818jnvqKFdqWLwmqg0&m=uDsueiBGZoXOWe_mbSqrUtgWQzpFcsEU5CU_u9yQEK4&s=9DT9CeT7r8yFk3T8IdjNiI0gVflUaTTEJx79Xjt9oTQ&e=" style="font-size:12.8px" target="_blank">www.cfw.org/100-percent</a></div>
<div>Co-Editor, Acta Cryst A</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Wien mailing list<br>
<a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
<a href="http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html" target="_blank">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Professor Laurence Marks</span><br></div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought", </span><span style="font-size:12.8px">Albert Szent-Gyorgi</span><br><a href="http://www.numis.northwestern.edu" target="_blank">www.numis.northwestern.edu</a> ; <span style="font-size:12.8px">Corrosion in 4D: </span><a href="http://MURI4D.numis.northwestern.edu" style="font-size:12.8px" target="_blank">MURI4D.numis.northwestern.edu</a><div><span style="font-size:12.8px">Partner of the CFW 100% program for gender equity, </span><a href="http://www.cfw.org/100-percent" style="font-size:12.8px" target="_blank">www.cfw.org/100-percent</a></div><div>Co-Editor, Acta Cryst A</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>