<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Dear All, <br></div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><br></div><div>I am doing calculations on a material  Nd2PdSi3 which is of AlB2 hexagonal structure (space group P6/mmm) with lattice constants a=b= 4.103 ang and c = 4.204 ang. The positions of the atoms are as follows: R 1a site 0 0 0 and Pd and Si statistically distributed on the 2d site 1/3  2/3  1/2 with 25 % and 75% respectively. I started making the structure using R at 1a site and Si at 2d site, so I get one Nd atom and two Si atoms.</div><div><br></div><div><div>Title</div><div>H  Â LATTICE,NONEQUIV.ATOMS:  2 191_P6/mmm</div><div>MODE OF CALC=RELA unit=ang</div><div>  7.754116  7.754116  7.944223 90.000000 90.000000120.000000</div><div>ATOM  -1: X=0.00000000 Y=0.00000000 Z=0.00000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Nd  Â  Â  Â  Â NPT=  781  R0=0.00001000 RMT=  Â  2.5000  Â Z: 60.000</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>ATOM  Â 2: X=0.33333333 Y=0.66666667 Z=0.50000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 2  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>ATOM  Â 2:X= 0.66666667 Y=0.33333333 Z=0.50000000</div><div>Si  Â  Â  Â  Â NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=  Â  2.2200  Â Z: 14.000</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â 0  Â  Â  NUMBER OF SYMMETRY OPERATIONS</div><div>~  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â </div><div>In order to make the ratio of Pd:Si as 1:3, I have doubled the structure along x axis using the super cell program, The structure is shown below:<br></div></div><div><div><div><br></div><div><div>Title</div><div>P  Â LATTICE,NONEQUIV. ATOMS  4</div><div>MODE OF CALC=RELA unit=ang</div><div> 15.508232  7.754116  7.944223 90.000000 90.000000120.000000</div><div>ATOM  Â 1: X=0.00000000 Y=0.00000000 Z=0.00000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Nd  Â  Â  Â  Â NPT=  781  R0=0.00001000 RMT=  Â  2.5000  Â Z: 60.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>ATOM  Â 2: X=0.50000000 Y=0.00000000 Z=0.00000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Nd  Â  Â  Â  Â NPT=  781  R0=0.00001000 RMT=  Â  2.5000  Â Z: 60.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>ATOM  Â 3: X=0.16666666 Y=0.66666667 Z=0.50000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 2  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>ATOM  Â 3: X=0.33333334 Y=0.33333333 Z=0.50000000</div><div>Si  Â  Â  Â  Â NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=  Â  2.2200  Â Z: 14.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>ATOM  Â 4: X=0.66666666 Y=0.66666667 Z=0.50000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 2  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>ATOM  Â 4: X=0.83333334 Y=0.33333333 Z=0.50000000</div><div>Si  Â  Â  Â  Â NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=  Â  2.2200  Â Z: 14.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â 0  Â  Â  NUMBER OF SYMMETRY OPERATIONS</div></div><div><br></div><div><div>After this I splitted the 2nd atomic position of the 3rd Si atom and then changed the atom from Si to Pd and the Z value to 46 i.e, for Pd and then saved the structure. <br></div></div></div><div><br></div><div>When I initialized I got the following warning:</div><div><div>SUMS TO 4.44000  LT.  NN-DIST= 4.47684</div><div> WARNING: Mult not equal. PLEASE CHECK outputnn-file</div><div> WARNING: ityp not equal. PLEASE CHECK outputnn-file</div><div> WARNING: ityp not equal. PLEASE CHECK outputnn-file</div></div><div><br></div><div>Then I accepted the structure given by x sgroup and I get the following struture</div><div><br></div><div><div>Title</div><div>P  Â LATTICE,NONEQUIV.ATOMS:  6 25 Pmm2</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â RELA</div><div>  7.754116  7.944223 13.430523 90.000000 90.000000 90.000000</div><div>ATOM  -1: X=0.00000000 Y=0.00000000 Z=0.00000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Nd1  Â  Â  Â  NPT=  781  R0=0.00001000 RMT=  Â  2.5000  Â Z: 60.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>ATOM  -2: X=0.50000000 Y=0.00000000 Z=0.50000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Nd2  Â  Â  Â  NPT=  781  R0=0.00001000 RMT=  Â  2.5000  Â Z: 60.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>ATOM  -3: X=0.49999999 Y=0.50000000 Z=0.83333334</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Pd1  Â  Â  Â  NPT=  781  R0=0.00001000 RMT=  Â  2.5000  Â Z: 46.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>ATOM  -4: X=0.00000000 Y=0.50000000 Z=0.33333334</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Si1  Â  Â  Â  NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=  Â  1.8900  Â Z: 14.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>ATOM  -5: X=0.50000001 Y=0.50000000 Z=0.16666666</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Si2  Â  Â  Â  NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=  Â  1.8900  Â Z: 14.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>ATOM  -6: X=0.00000000 Y=0.50000000 Z=0.66666666</div><div>  Â  Â  Â  Â  MULT= 1  Â  Â  Â  Â  ISPLIT= 8</div><div>Si3  Â  Â  Â  NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=  Â  1.8900  Â Z: 14.0</div><div>LOCAL ROT MATRIX:  Â  1.0000000 0.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 1.0000000 0.0000000</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0.0000000 0.0000000 1.0000000</div><div>  Â 4  Â  Â  NUMBER OF SYMMETRY OPERATIONS</div><div> 1 0 0 0.00000000</div><div>Now the question is my initial experimental structure was AlB2 hexagonal type but since I could not have Pd and Si distribution in this structure in 1:3 ratio I made a supercell and the structure which I have generated now is Pmm2 structure which is orthorhombic but has a distribution of Pd and Si in 1:3 ratio. Is it ok to perform calculations on this structure?  Â  Â Â <br></div><div><br></div><div>Secondly, I want to perform Antiferromagnetic calculations with different magnetic configurations like A, C, G type and for that I have to further increase the supercell. That in itself will further change the symmetry. Can I use this structure and make a super cell to define the magnetic configuration for the Nd ion?  Â  Â Â </div><div>Please suggest.</div><div><br></div><div>Sincerely,  Â  Â  Â  Â  Â  Â Â </div></div></div></div><div dir="ltr" class="gmail-m_-3873913793653173719gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font color="#333333"><font face="tahoma, sans-serif">Anup Pradhan Sakhya (Ph.D.)</font></font></div><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font color="#333333" face="tahoma, sans-serif">Visiting Post-Doctoral Fellow</font></div><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font color="#333333" face="tahoma, sans-serif">DCMP&MS, TIFR, Mumbai</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>