<div dir="ltr"><div class="gmail_quote">Dear Prof. Blaha,</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">As suggested by you I made a supercell of 2x2x2 size and then replaced 4 Pd atoms by 4 Si atoms and then initialized the structure. (In order to check for different configurations I will also substitute Pd atoms by Si atoms randomly and check which configuration gives minimum Energy). In the mean time when I initialized the substituted structure, x sgroup suggests an orthombic cell, So I followed the following:</div><div class="gmail_quote"><br><div dir="ltr"><div><b>Use structure file generated by x sgroup NO</b></div><div><b>But then I get the following information:</b></div><div>SPACE GROUP CONTAINS INVERSION<br></div><div><pre>        BUT ATOMS SHOULD BE SHIFTED BY   0.00000000  -3.87705800   3.97211150
        (NOTE: You must convert carthesian to internal coordinates)
0.0u 0.0s 0:00.00 0.0% 0+0k 0+56io 0pf+0w
</pre></div><div><b>So then I made the sfhit like as shown below<br></b></div><div dir="ltr"><b>oot@kbmaiti:~/WIEN2k/NdPd# x supercell<br> Program generates supercell from a WIEN struct file.<br> <br> Filename of struct file: <br>NdPd.struct<br> <br> Number of cells in x direction: <br>1<br> Number of cells in y direction: <br>1<br> Number of cells in z direction: <br>1<br> Optional shift all atoms by the same amount (fractional coordinates). <br> Please enter x shift: <br>0<br> Please enter y shift: <br>-0.4725<br> Please enter z shift: <br>0.47259<br></b></div><div dir="ltr"><br clear="all">I converted the shift given in Cartesian coordinates to fractional co-ordinates. But then the structure is not correct as there are no Nd atoms at the edges after the given shift. And even after shift when I initialize I am getting the same thing as before and x sgroup still suggests and orthorhombic structure and I still get the information to shift the atoms. Should I accept the structure given by x sgroup and perform the calculations in the orthorhombic structure even though the experimental structure is hexagonal?</div><div>Please suggest. </div><div dir="ltr"><br><div dir="ltr" class="m_-8089968537749226099gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font color="#333333"><font face="tahoma, sans-serif">Anup Pradhan Sakhya (Ph.D.)</font></font></div><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font face="tahoma, sans-serif" color="#333333">Visiting Post-Doctoral Fellow</font></div><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font face="tahoma, sans-serif" color="#333333">DCMP&MS, TIFR, Mumbai</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div>