<div dir="auto">As an addendum, this appears to be a common problem, e.g. <span style="font-family:sans-serif"><a href="https://library.softwareverify.com/memory-fragmentation-your-worst-nightmare/">https://library.softwareverify.com/memory-fragmentation-your-worst-nightmare/</a></span><br><br><div data-smartmail="gmail_signature">_____<br>Professor Laurence Marks<br>"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought", Albert Szent-Gyorgi<br><a href="http://www.numis.northwestern.edu">www.numis.northwestern.edu</a></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Dec 20, 2019, 15:20 Laurence Marks <<a href="mailto:laurence.marks@gmail.com">laurence.marks@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000">I believe that I've finally managed to trace a generic slowdown of mainly lapw1_mpi. It's been around since 2013 and is probably related to how files are used in WIEN2k & NFS. Maybe someone knows a friendly OS person who can provide some information.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000">The symptom is that lapw1 -p with mpi over a period of some days slows down, with the Wall time increasing although the CPU time also increases a little. It appears that this is related to fragmentation of the RAM, so large matrices are starting to occupy disjointed locations in memory and are therefore slower. A cure appears to be to run the builtin RAM defragger, "<span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(34,34,34)">echo 1 >/proc/sys/vm/compact_memory" [1]. This probably does not need to be done more than every few days or perhaps only once a week.</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(34,34,34)"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(34,34,34)">Anyone come across anything similar? It may well have to do with how NFS & Read/Write I/O is done.</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(34,34,34)"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:#000000"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(34,34,34)">[1] WARNING: do not attempt this unless you are quite linux experienced. An alternative to check is to do "cat /proc/buddyinfo", looking up what that information means (e.g. </span><a href="https://www.uninformativ.de/blog/postings/2017-12-23/0/POSTING-en.html" style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small" target="_blank" rel="noreferrer">https://www.uninformativ.de/blog/postings/2017-12-23/0/POSTING-en.html</a> ).</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Professor Laurence Marks<br>Department of Materials Science and Engineering<br>Northwestern University<br><a href="http://www.numis.northwestern.edu/" target="_blank" rel="noreferrer">www.numis.northwestern.edu</a><div>Corrosion in 4D: <a href="http://www.numis.northwestern.edu/MURI" target="_blank" rel="noreferrer">www.numis.northwestern.edu/MURI</a><br>Co-Editor, Acta Cryst A<br>"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought"<br>Albert Szent-Gyorgi</div></div></div></div>
</blockquote></div>