<div dir="auto">Problem is solved as I forgot to source bashrc.<div dir="auto">Thankyou </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, 16 May, 2022, 12:25 pm Neeraj Kulhari, <<a href="mailto:neerajkulhari041993@gmail.com">neerajkulhari041993@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Team,</div><div>I am working with WIEN2k on HPC. While I am 
running commands on the terminal it is working fine. But when I am 
submitting the job script, I am getting pbe.scf but it just contains 
commands used for running lapw. I am pasting my job script.</div><div>I am stuck with that.</div><div>Thanks and regards</div><div>#!/bin/bash<br>#SBATCH --time=00:30:00        # Walltime in hh:mm:ss    ! keep small time<br>#SBATCH --nodes=1              # Number of nodes   ! Keep it 4 but we can change as per job conditions<br>#SBATCH --ntasks-per-node=24   <br>#SBATCH --cpus-per-task=2      # Number of OpenMP threads for each MPI process/rank  ! Do not change<br>#SBATCH --mem=300000           # Per nodes memory request (MB),  max mem is 375GB  ! Do not change<br>#SBATCH --account=*  # no change<br>#SBATCH --job-name=relax           # change it as per case<br>#SBATCH --partition=g100_usr_prod    # do not change<br>#module load wien2k<br>export OMP_NUM_THREADS=4<br><br>case=pbe<br># Use , as list seperator<br>IFS=','<br># Convert string to array<br>hcpus=($SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE)<br>unset IFS<br><br>declare -a conv<br><br># Expand compressed slurm array<br>for cpu in ${hcpus[@]}; do<br>     if [[ $cpu =~ (.*)\((.*)x\) ]]; then<br>        # found compressed value<br>      value=${BASH_REMATCH[1]}<br>      factor=${BASH_REMATCH[2]}<br>     for j in $(seq 1 $factor); do<br>     conv=( ${conv[*]} $value )<br>      done<br>     else<br>    conv=( ${conv[*]} $cpu )<br>     fi<br>done<br><br># Build .machines file<br>rm -f .machines<br><br>nhost=0<br><br>echo ${conv[@]};<br><br>IFS=','<br>for node in $SLURM_NODELIST<br>do <br>    declare -i cpuspernode=${conv[$nhost]};<br>    for ((i=0; i<${cpuspernode}; i++))   <br>    do<br>    echo 1:$node >> .machines<br>    done<br>    let nhost+=1<br>done <br><br>echo 'granularity:1' >>.machines<br>echo 'extrafine:1' >>.machines<br><br># .machines file complete<br><br># Run your caclulation<br># case name = directory name<br>case=${PWD##*/}<br><br># change editor settings<br>EDITOR2=$EDITOR # save settings<br>export EDITOR=cat # prevent opening files for editing<br><br># initialization<br>#cp /path/to/mstar/test_files/W2k/Si.struct ${case}.struct<br><br># run SCF without SOC<br>#run_lapw -ec 0.0001 -cc 0.001 -p<br>#run_lapw -ec 0.00001 -p -cc 0.001 -i 400 -fc 0.5 -dftd3 -min -NI<br>#cp -rf ../pbe ../pbe_scf<br><br>#echo "100" > kgenpt<br>#echo "0" >> kgenpt<br>#x_lapw kgen  < kgenpt<br><br><br>#FER=$(grep :FER $case.scf | tail -n 1 | awk '{print $10}')<br>#sed -i 's/0.xxxx/'$FER'/g' $case.insp<br><br><br>x_lapw lapw1 -p<br>x_lapw lapw2 -fermi  -p<br>x_lapw optic  -p<br>x_lapw joint -p<br>x_lapw kram -p<br><br>x_lapw lapw1 -band -p<br>x_lapw lapw2 -band -qtl -p<br>x_lapw spaghetti -p<br><br>x_lapw lapw1 -p<br>x_lapw lapw2 -qtl -p<br>x_lapw tetra -p<br></div></div>
</blockquote></div>