<div dir="auto">A question out of curiosity. When you are comparing the Matlab and Octave versions, are you using mkl + OMP_NUM_THREADS for both?<br><br><div data-smartmail="gmail_signature">--<br>Professor Laurence Marks (Laurie)<br>Department of Materials Science and Engineering, Northwestern University<br><a href="http://www.numis.northwestern.edu" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.numis.northwestern.edu</a><br>"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought" Albert Szent-Györgyi</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Apr 23, 2023, 16:08 Rubel, Oleg <<a href="mailto:rubelo@mcmaster.ca" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">rubelo@mcmaster.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Gavin,<br>
<br>
Many thanks for letting me know about all of those inconsistencies. I fixed the links. Also the ubs_dots_w2k_octave.m script was revisited to fix issues that you mentioned. I had to make some kind of a  progress bar because it takes relatively long to run for a realistic scenario. For some reason the MATLAB version of the same (ubs_dots.m) runs an order of magnitude faster. All updates were pushed to GitHub.<br>
<br>
Thank you once again<br>
Oleg<br>
<br>
> -----Original Message-----<br>
> From: Wien <<a href="mailto:wien-bounces@zeus.theochem.tuwien.ac.at" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">wien-bounces@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a>> On Behalf Of<br>
> Gavin Abo<br>
> Sent: Wednesday, April 19, 2023 1:04 AM<br>
> To: <a href="mailto:wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
> Subject: Re: [Wien] Problem running fold2bloch interface with wien2k_17<br>
> <br>
> Dear Oleg,<br>
> <br>
> The tutorial 1 at:<br>
> <br>
> <a href="https://github.com/rubel75/fold2Bloch-Wien2k/wiki/Tutorial-1:-Lattice-of-" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://github.com/rubel75/fold2Bloch-Wien2k/wiki/Tutorial-1:-Lattice-of-</a><br>
> Hydrogen-atoms<br>
> <br>
> It has:<br>
> <br>
> <br>
> ~/fold2Bloch/fold2Bloch -c 6-atom2D.vector "''1 0 0:0 2 0:0 0 3''"<br>
> <br>
> Cannot remember for sure but that might not have worked starting with<br>
> (double quote)(single quote)(single quote).  I think it needed to be (double<br>
> quote)(single quote).  Similarly ending with (single quote)(double quote).<br>
> <br>
> The ubs_dot.m link seems to be broken pointing to:<br>
> <br>
> <br>
> <a href="https://github.com/rubel75/fold2Bloch/blob/master/Utils/ubs_dots.m" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://github.com/rubel75/fold2Bloch/blob/master/Utils/ubs_dots.m</a><br>
> <br>
> <br>
> The working link now appears to be:<br>
> <br>
> <a href="https://github.com/rubel75/fold2Bloch-" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://github.com/rubel75/fold2Bloch-</a><br>
> Wien2k/blob/master/utils/ubs_dots.m<br>
> <br>
> It might just be me, but instead of the matlab script, I like using the octave<br>
> script at:<br>
> <br>
> <br>
> <a href="https://github.com/rubel75/fold2Bloch-" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://github.com/rubel75/fold2Bloch-</a><br>
> Wien2k/blob/master/utils/ubs_dots_w2k_octave.m<br>
> <br>
> <br>
> However, if I recall correctly, the script failed to run right.<br>
> <br>
> The ubs_dots.m has line 43:<br>
> <br>
> roundOffErrK = 0.000001; % this is the round off error 1/3 = 0.333333 + err<br>
> <br>
> and it has lines 70-72:<br>
> <br>
> <br>
> epsk = [roundOffErrK roundOffErrK roundOffErrK]; % k rounding error epsk =<br>
> coordTransform(epsk,G); % transform to Cart. coords epsk =<br>
> sqrt(dot(epsk,epsk)); % get magnitude of the vector<br>
> <br>
> <br>
> I believe I had to add line 43 after line 54 and lines 70-72 between lines 72 and<br>
> 73 in the current ubs_dots_w2k_octave.m for it to work.<br>
> <br>
> <br>
> Regarding Tutorial 2 at:<br>
> <br>
> <br>
> <a href="https://github.com/rubel75/fold2Bloch-Wien2k/wiki/Tutorial-2:-Bismuth-in-" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://github.com/rubel75/fold2Bloch-Wien2k/wiki/Tutorial-2:-Bismuth-in-</a><br>
> GaAs<br>
> <br>
> <br>
> It has:<br>
> <br>
> ~/fold2Bloch/fold2Bloch -c Ga8As7Bi1.vector 2:2:2<br>
> <br>
> According to your post below, that needs to be:<br>
> <br>
> <br>
> ~/fold2Bloch/fold2Bloch -c 6-atom2D.vector "'2 0 0:0 2 0:0 0 2'"<br>
> <br>
> The link to ubs_dot.m for Ga8As7Bi1.unfolded for reproducing the tutorial 2<br>
> plot seems to be broken (for me it leads me to a github page with a 404  error).<br>
> <br>
> <br>
> Thanks,<br>
> <br>
> Gavin<br>
> WIEN2k user <br>
<br>
_______________________________________________<br>
Wien mailing list<br>
<a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
<a href="http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html" rel="noreferrer noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
</blockquote></div>