<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
</head>
<body>
<p>Please, read the usersguide.</p>
<p>It says, that R (rhombohedral) cells will be first converted into
H (hexagonal cells, which is 3x bigger and corresponds to the
conventional (not the primitive) cell.</p>
<p>When you run supercell again with the new struct file, you can
form a cell with more layers and add some vacuum.</p>
<p>PS: A vacuum of 60 Ang is nonsense. Use 30 bohr for the vacuum.<br>
</p>
<div class="moz-cite-prefix">Am 25.05.2023 um 09:22 schrieb Burhan
Ahmed:<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:4A18DC65-58AF-4A90-AEF6-1407C5EA769F@hxcore.ol">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered
medium)">
<style>@font-face
{font-family:"Cambria Math";
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{font-family:Calibri;
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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear Sir, <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am running wien2k_23.2 on a i7 machine
having 8 cores with ubuntu as OS along with intel oneapi
compiler.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am trying to construct a surface
structure of 6 quintuple layers of Bi2Te3 Topological
insulator having space group 166-R3m with vacuum of 60 ang.
Whenever I execute the x supercell/supercell command and
completes the mentioned steps, I got the super_structure, but
the when I visualizes it , it shows the same structure and
also number of atoms increases but the atoms in the unit cell
remains the same. <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The case.struct is <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Bi2Te3
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">R 3
166_R-3m <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> RELA
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 8.208428 8.208428 56.784881 90.000000
90.000000120.000000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ATOM -1: X=0.39917337 Y=0.39917337
Z=0.39917337 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 2 ISPLIT=
4 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -1: X=0.60082663 Y=0.60082663
Z=0.60082663 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Bi1 NPT= 781 R0=0.00000500 RMT=
2.5000 Z: 83.00000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1.0000000 0.0000000
0.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ATOM -2: X=0.00000000 Y=0.00000000
Z=0.00000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 1 ISPLIT=
4 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Se1 NPT= 781 R0=0.00005000 RMT=
2.5000 Z: 34.00000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1.0000000 0.0000000
0.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ATOM -3: X=0.21434733 Y=0.21434733
Z=0.21434733 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 2 ISPLIT=
4 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -3: X=0.78565267 Y=0.78565267
Z=0.78565267 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Se2 NPT= 781 R0=0.00005000 RMT=
2.5000 Z: 34.00000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1.0000000 0.0000000
0.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 12 NUMBER OF SYMMETRY
OPERATIONS <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0-1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0-1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0-1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0-1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 2
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0-1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0-1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 3
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0-1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0-1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 4
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0-1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0-1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 5
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0-1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0-1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 6
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0 1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 7
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0 1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 8
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0 1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 9
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0 1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 10
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0 1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 1 0 0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 11
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1 0 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 1 0
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0 0 1
0.00000000
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 12
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">And the case_super.struct is </p>
<p class="MsoNormal">Bi2Te3
</p>
<p class="MsoNormal">H LATTICE,NONEQUIV. ATOMS 9 </p>
<p class="MsoNormal">MODE OF CALC=RELA unit= </p>
<p class="MsoNormal"> 8.208428 8.208428 56.784881 90.000000
90.000000120.000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 1: X=0.00000000 Y=0.00000000
Z=0.39917337</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 2 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 1: X=0.00000000 Y=0.00000000
Z=0.60082663</p>
<p class="MsoNormal">Bi NPT= 781 R0=0.00000500 RMT=
2.5000 Z: 83.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 2: X=0.33333333 Y=0.66666667
Z=0.06584004</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 2 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 2: X=0.33333333 Y=0.66666667
Z=0.26749330</p>
<p class="MsoNormal">Bi NPT= 781 R0=0.00000500 RMT=
2.5000 Z: 83.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 3: X=0.66666667 Y=0.33333333
Z=0.73250670</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 2 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 3: X=0.66666667 Y=0.33333333
Z=0.93415996</p>
<p class="MsoNormal">Bi NPT= 781 R0=0.00000500 RMT=
2.5000 Z: 83.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 4: X=0.00000000 Y=0.00000000
Z=0.00000000</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 1 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">Se NPT= 781 R0=0.00005000 RMT=
2.5000 Z: 34.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 5: X=0.33333333 Y=0.66666667
Z=0.66666667</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 1 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">Se NPT= 781 R0=0.00005000 RMT=
2.5000 Z: 34.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 6: X=0.66666667 Y=0.33333333
Z=0.33333333</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 1 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">Se NPT= 781 R0=0.00005000 RMT=
2.5000 Z: 34.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 7: X=0.00000000 Y=0.00000000
Z=0.21434733</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 2 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 7: X=0.00000000 Y=0.00000000
Z=0.78565267</p>
<p class="MsoNormal">Se NPT= 781 R0=0.00005000 RMT=
2.5000 Z: 34.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 8: X=0.33333333 Y=0.66666667
Z=0.88101400</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 2 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 8: X=0.33333333 Y=0.66666667
Z=0.45231934</p>
<p class="MsoNormal">Se NPT= 781 R0=0.00005000 RMT=
2.5000 Z: 34.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 9: X=0.66666667 Y=0.33333333
Z=0.54768066</p>
<p class="MsoNormal"> MULT= 2 ISPLIT= 4</p>
<p class="MsoNormal">ATOM 9: X=0.66666667 Y=0.33333333
Z=0.11898600</p>
<p class="MsoNormal">Se NPT= 781 R0=0.00005000 RMT=
2.5000 Z: 34.0</p>
<p class="MsoNormal">LOCAL ROT MATRIX: 1.0000000 0.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 1.0000000
0.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0.0000000 0.0000000
1.0000000</p>
<p class="MsoNormal"> 0 NUMBER OF SYMMETRY OPERATIONS</p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Please help me in this issue.</p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Regards<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Burhan Ahmed<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>Research Scholar, AUS <o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<br>
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