<div dir="auto"><div>Without checking details of your structure, I suspect runafm may be what you want to use. In that spin-flip occurs via a symmetry operation, and it is about twice as fast as runs.</div><div><br></div><div data-smartmail="gmail_signature">___<br>Professor Laurence Marks (Laurie)<br>Department of Materials Science and Engineering, Northwestern University<br><a href="http://www.numis.northwestern.edu">www.numis.northwestern.edu</a><br>"Research is to see what everybody else has seen, and to think what nobody else has thought" Albert Szent-Györgyi</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Sep 2, 2024, 08:00 pluto via Wien <<a href="mailto:wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at">wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Gerhard, Prof. Blaha,<br>
<br>
Thank you for your comments.<br>
<br>
I think equivalent atoms are always connected by symmetry operations.<br>
<br>
Probably the easiest case is 2H WSe2 (or MoS2 etc.). Unit cell has two <br>
layers. One can sit at one of the K points, and then spin polarizations <br>
in subsequent layers are opposite. This is the "hidden spin <br>
polarization" of Zunger et al.<br>
<br>
For bulk 2H WSe2 WIEN2k will make a case.struct file with 2 atoms (4 <br>
equivalent positions for Se and 2 equivalent positions for W).<br>
<br>
I believe QTL will take the first of the equivalent positions and <br>
provide properties inside the MT. In Wse2 one will get large spin <br>
polarization when looking at band characters with QTL.<br>
<br>
Regular "x lapw2 -band -qtl" will average over all the equivalent <br>
positions, and one will get zero spin polarization. In order to get spin <br>
polarization with "x lapw2 -band -qtl", one needs to disconnect (split) <br>
atoms in case.struct. This will result in much bigger calculation. Not a <br>
problem for bulk WSe2, but very expensive for a big slab.<br>
<br>
Of course, since equivalent atoms are connected by symmetries, one can <br>
find out these symmetries and then apply them to the properties such as <br>
spin or Ylm. But this may lead to some trivial mistakes, this is why I <br>
prefer to have the first equivalent atom on the same side of the slab <br>
(recently I do big slabs).<br>
<br>
Best,<br>
Lukasz<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On 2024-09-02 08:34, Fecher, Gerhard wrote:<br>
> Hallo Lukasz,<br>
> If you edit the structure (or create a new one)  and use sgroup<br>
> afterwards then it will resort the equivalent sites again when you<br>
> accept the structure.<br>
> If the space group was already ok, then you do not need to accept<br>
> changes made by sgroup.<br>
> I do not know whether there exists an IUCr recommendation how the<br>
> equivalent positions should be ordered crystallographically. However,<br>
> it should not affect the electronic structure.<br>
> <br>
> I am not sure what you looking for, but how can two equivalent atoms<br>
> contribute different to the electronic structure.<br>
> For example, if the spin densities at two sites are different then<br>
> they can not be equivalent.<br>
> <br>
> Ciao<br>
> Gerhard<br>
> <br>
> DEEP THOUGHT in D. Adams; Hitchhikers Guide to the Galaxy:<br>
> "I think the problem, to be quite honest with you,<br>
> is that you have never actually known what the question is."<br>
> <br>
> ====================================<br>
> Dr. Gerhard H. Fecher<br>
> Institut of Physics<br>
> Johannes Gutenberg - University<br>
> 55099 Mainz<br>
> ________________________________________<br>
> Von: Wien [<a href="mailto:wien-bounces@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank" rel="noreferrer">wien-bounces@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a>] im Auftrag von<br>
> Peter Blaha [<a href="mailto:peter.blaha@tuwien.ac.at" target="_blank" rel="noreferrer">peter.blaha@tuwien.ac.at</a>]<br>
> Gesendet: Samstag, 31. August 2024 19:15<br>
> An: <a href="mailto:wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank" rel="noreferrer">wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
> Betreff: Re: [Wien] Order of equivalent positions in case.struct<br>
> <br>
> Of course you can edit the struct file and exchange the order of<br>
> equivalent positions.<br>
> <br>
> Am 29.08.2024 um 13:41 schrieb pluto via Wien:<br>
>> Dear Prof. Blaha, dear All,<br>
>> <br>
>> WIEN2k automatically detects equivalent positions (from symmetries) to<br>
>> allow faster calculations. In the slab geometry typically there are <br>
>> (at<br>
>> least) two equivalent positions, at the top and at the bottom of the <br>
>> slab.<br>
>> <br>
>> QTL is able to provide band characters for the first of the equivalent<br>
>> positions. This is very convenient because one can check e.g.<br>
>> spin-polarization of Rashba-type surface states without disconnecting<br>
>> the atoms (which would be expensive). Regular x lapw2 -band will <br>
>> average<br>
>> over the equivalent positions, therefore typically canceling any <br>
>> "hidden<br>
>> spin polarization".<br>
>> <br>
>> However, WIEN2k choses the first equivalent position automatically. <br>
>> This<br>
>> means that sometimes it can be at the top of the slab, and sometimes <br>
>> at<br>
>> the bottom of the slab (say surface layer is at the top and subsurface<br>
>> layer at the bottom of the slab).<br>
>> <br>
>> Is there a way to control which positions is the first equivalent<br>
>> position? Can I manually edit case.struct file and change the order of<br>
>> the equivalent positions?<br>
>> <br>
>> Best,<br>
>> Lukasz<br>
>> <br>
>> _______________________________________________<br>
>> Wien mailing list<br>
>> <a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank" rel="noreferrer">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
>> <a href="http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
>> SEARCH the MAILING-LIST at:<br>
>> <a href="http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
> <br>
> --<br>
> -----------------------------------------------------------------------<br>
> Peter Blaha,  Inst. f. Materials Chemistry, TU Vienna, A-1060 Vienna<br>
> Phone: +43-158801165300<br>
> Email: <a href="mailto:peter.blaha@tuwien.ac.at" target="_blank" rel="noreferrer">peter.blaha@tuwien.ac.at</a><br>
> WWW:   <a href="http://www.imc.tuwien.ac.at" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.imc.tuwien.ac.at</a>      WIEN2k: <a href="http://www.wien2k.at" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.wien2k.at</a><br>
> -------------------------------------------------------------------------<br>
> _______________________________________________<br>
> Wien mailing list<br>
> <a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank" rel="noreferrer">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
> <a href="http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
> SEARCH the MAILING-LIST at:<br>
> <a href="http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
> _______________________________________________<br>
> Wien mailing list<br>
> <a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank" rel="noreferrer">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
> <a href="http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
> SEARCH the MAILING-LIST at:<br>
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Wien mailing list<br>
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