<div dir="ltr"><div>Dear Prof. Blaha,</div><div>Thank you for the hint. Indeed, pairhess does the trick. After running it I know which atom(s) may be moved. <br></div><div><br></div><div>In case someone will search the mailing list for the solution, to actually move atoms one may then<br></div><div>1) Use structeditor which has function "sshift" which does the trick. <br></div><div>or </div><div>2) Run spacegroup with the input constructed from the original file altered to shift one of the atoms and get on the output the new coordinates for all atoms.</div><div></div><div></div><div><br></div><div></div><div>Maybe there are other solutions.<br></div><div><br></div><div></div><div>Sincerely yours,</div><div>Mikhail Nestoklon<br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, 30 Nov 2024 at 13:38, Peter Blaha <<a href="mailto:peter.blaha@tuwien.ac.at">peter.blaha@tuwien.ac.at</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I guess you mean: You want to determine which coordinates of which atoms <br>
are free to move without changing symmetry.<br>
<br>
Most easy is probably:<br>
<br>
x pairhess<br>
<br>
and examine the generated case.inM file.<br>
For each atom there is a line and the first 3 numbers with 0 or 1 <br>
indicate if this coordinate can be changed (1) or not (0).<br>
<br>
Regards<br>
<br>
<br>
Am 30.11.2024 um 10:07 schrieb Nestoklon Mikhail:<br>
> Dear wien2k community,<br>
> <br>
> I am trying to use r2SCAN for the analysis of perovskites.<br>
> As mentioned in UG, currently forces for mGGA are not implemented. As a <br>
> result, -min and mini will not work properly.<br>
> For simplest cases "manual" optimization is straightforward: In high <br>
> symmetry structures with few atoms in a prime cell it is not too hard to <br>
> prepare a set of structures with shifted atom positions and find the <br>
> energy minimum.<br>
> However, as the number of atoms increases and/or symmetry lowers it is <br>
> not absolutely trivial to set the shifted atom positions keeping the <br>
> symmetry.<br>
> Are there tools in the WIEN2k package to simplify this task? Something <br>
> like patchsymm, but more flexible? I suspect, somewhere inside -min this <br>
> is actually done. Basically, I want to mimic -min but using numerical <br>
> derivatives of energy instead of forces. The only non-trivial part here <br>
> is the minimal set of internal coordinates enforced by the symmetry of <br>
> the structure.<br>
> <br>
> Thank you in advance.<br>
> <br>
> Sincerely yours,<br>
> Mikhail Nestoklon<br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Wien mailing list<br>
> <a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
> <a href="http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien" rel="noreferrer" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
> SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
<br>
-- <br>
-----------------------------------------------------------------------<br>
Peter Blaha,  Inst. f. Materials Chemistry, TU Vienna, A-1060 Vienna<br>
Phone: +43-158801165300<br>
Email: <a href="mailto:peter.blaha@tuwien.ac.at" target="_blank">peter.blaha@tuwien.ac.at</a><br>
WWW:   <a href="http://www.imc.tuwien.ac.at" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.imc.tuwien.ac.at</a>      WIEN2k: <a href="http://www.wien2k.at" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.wien2k.at</a><br>
-------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Wien mailing list<br>
<a href="mailto:Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at" target="_blank">Wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at</a><br>
<a href="http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien" rel="noreferrer" target="_blank">http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/mailman/listinfo/wien</a><br>
SEARCH the MAILING-LIST at:  <a href="http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mail-archive.com/wien@zeus.theochem.tuwien.ac.at/index.html</a><br>
</blockquote></div>