[Wien] Help Structgen Problems and Questions about MPI and ScaLAPACK

[Joshua Davis]

Dear all wien2k users

I have two problems I have questions on.  The first is about the Structgen
program.  For me it has seems to mess up with layered type of compounds.
When looking at compounds like LiCoO2 it seems to put the atoms too close
together.  When I input the positions I do not leave any values out so it
should have enough Sig Figs to calculate the proper positions.

The LiCoO2.struct file is:

blebleble

R   LATTICE,NONEQUIV.ATOMS:  5166_R-3m
MODE OF CALC=RELA unit=bohr
  5.336587  5.336587 26.244517 90.000000 90.000000120.000000
ATOM  -1: X=0.00000000 Y=0.00000000 Z=0.00000000
          MULT= 1          ISPLIT= 8
Li1+       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    2.0000   Z:  3.0
LOCAL ROT MATRIX:    1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
ATOM  -2: X=0.83333334 Y=0.66666667 Z=0.16666667
          MULT=12          ISPLIT= 8
ATOM  -2:X= 0.16666666 Y=0.33333333 Z=0.83333333
ATOM  -2:X= 0.66666667 Y=0.16666667 Z=0.83333334
ATOM  -2:X= 0.33333333 Y=0.83333333 Z=0.16666666
ATOM  -2:X= 0.83333334 Y=0.16666667 Z=0.66666667
ATOM  -2:X= 0.16666666 Y=0.83333333 Z=0.33333333
ATOM  -2:X= 0.16666667 Y=0.83333334 Z=0.66666667
ATOM  -2:X= 0.83333333 Y=0.16666666 Z=0.33333333
ATOM  -2:X= 0.16666667 Y=0.66666667 Z=0.83333334
ATOM  -2:X= 0.83333333 Y=0.33333333 Z=0.16666666
ATOM  -2:X= 0.66666667 Y=0.83333334 Z=0.16666667
ATOM  -2:X= 0.33333333 Y=0.16666666 Z=0.83333333
Li1+       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    2.0000   Z:  3.0
LOCAL ROT MATRIX:    1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
ATOM  -3: X=0.00000000 Y=0.00000000 Z=0.00000000
          MULT= 1          ISPLIT= 8
Co3+       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    2.0000   Z: 27.0
LOCAL ROT MATRIX:    1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
ATOM  -4: X=0.83333334 Y=0.66666667 Z=0.16666667
          MULT=12          ISPLIT= 8
ATOM  -4:X= 0.16666666 Y=0.33333333 Z=0.83333333
ATOM  -4:X= 0.66666667 Y=0.16666667 Z=0.83333334
ATOM  -4:X= 0.33333333 Y=0.83333333 Z=0.16666666
ATOM  -4:X= 0.83333334 Y=0.16666667 Z=0.66666667
ATOM  -4:X= 0.16666666 Y=0.83333333 Z=0.33333333
ATOM  -4:X= 0.16666667 Y=0.83333334 Z=0.66666667
ATOM  -4:X= 0.83333333 Y=0.16666666 Z=0.33333333
ATOM  -4:X= 0.16666667 Y=0.66666667 Z=0.83333334
ATOM  -4:X= 0.83333333 Y=0.33333333 Z=0.16666666
ATOM  -4:X= 0.66666667 Y=0.83333334 Z=0.16666667
ATOM  -4:X= 0.33333333 Y=0.16666666 Z=0.83333333
Co3+       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    2.0000   Z: 27.0
LOCAL ROT MATRIX:    1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
ATOM  -5: X=0.74863333 Y=0.49726667 Z=0.25136667
          MULT=12          ISPLIT= 8
ATOM  -5:X= 0.25136667 Y=0.50273333 Z=0.74863333
ATOM  -5:X= 0.49726667 Y=0.25136667 Z=0.74863333
ATOM  -5:X= 0.50273333 Y=0.74863333 Z=0.25136667
ATOM  -5:X= 0.74863333 Y=0.25136667 Z=0.49726667
ATOM  -5:X= 0.25136667 Y=0.74863333 Z=0.50273333
ATOM  -5:X= 0.25136667 Y=0.74863333 Z=0.49726667
ATOM  -5:X= 0.74863333 Y=0.25136667 Z=0.50273333
ATOM  -5:X= 0.25136667 Y=0.49726667 Z=0.74863333
ATOM  -5:X= 0.74863333 Y=0.50273333 Z=0.25136667
ATOM  -5:X= 0.49726667 Y=0.74863333 Z=0.25136667
ATOM  -5:X= 0.50273333 Y=0.25136667 Z=0.74863333
O 2-       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    2.0000   Z:  8.0
LOCAL ROT MATRIX:    1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
   0      NUMBER OF SYMMETRY OPERATIONS

If you look at it in xcrysden, there are lithium atoms, and oxygen atoms on
top of each other (like mentioned before).  I have tried to replace the the
present executetables with the precompiled executables one can download
because I thought it may have compiled them wrong.  I have no problems with
any other type of structures; layered structures are the only ones that
seem to mess up.
I have tower with 4 six-core Xeon processors, 48gb running Ubuntu 12.04.
Wien2K 11.1 was compiled with gfortran 4.6.3 with the GotoBLAS library.
What can I do?

The second question I have is, Do I need an MPI and ScaLAPACK libraries to
fully utilize my hardware for calculations?  Or do I not need them because
all of my hardware is on the same machine?  I am a bit confused by the
information in the user guide.

Help with both of the questions would be much appreciated.

Josh Davis
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://zeus.theochem.tuwien.ac.at/pipermail/wien/attachments/20121004/4f9bfd7b/attachment.htm>